Основите на Музея по геология и палеонтология са положени със създаването на Минно-геоложкия институт през 1953 г., но първите колекции от вкаменелости датират от основаването на катедрата по инженерна геология към бившата Политехника с образци още отпреди Втората световна война. В течение на шест десетилетия музейните колекции се обогатяват с материали от страната и чужбина.
Официалното откриване на музея е през 1961 г. Той е един от най-големите специализирани музеи в страната, който по богатство на колекциите може да се сравнява само с Музея по палеонтология и исторична геология на Софийския университет и Националния природонаучен музей. Основното предназначение на музейните колекции е да улесняват учебния процес на студентите, като им дават непосредствена нагледна представа за фосилите и скалите. Това е най-голямата и представителна зала за обучение по фундаменталните геоложки дисциплини и се посещава по време на лекции и упражнения от студенти от всички факултети на МГУ „Св. Ив. Рилски”.
Уредници на музея са инж. Верка Михайлова (1962–1984), Вергиния Вучева (1984–1987) инж. Таня Илиева (1987–1998) и инж. Димка Синьовска (от 2000г. – досега).
Образците от музейния фонд са групирани в три главни експозиционни колекции – „Палеонтология”, „Исторична геология” и „Геология на България”. Освен тях са изложени и по-малки колекции – „Обща геология”, „Структурна геология”, „Кватернерна геология” и монографични колекции.
Палеонтоложката колекция е аранжирана по реда на изучаване на основните организмови групи. Във витрините са експонирани представителни образци, колекционирани от студенти и преподаватели по време на учебни практики, научноизследователски проекти и участия в полеви екскурзии на национални и международни симпозиуми и уъркшопове.
Колекцията „Исторична геология” включва представителни образци за еволюцията на земната кора и организмовия свят през геоложката история на Земята, илюстрирани с палеогеографски карти за разположението на континентите и океаните през Фанерозоя. В нея има образци от световноизвестни фациеси и формации, като например гранит „рапакиви” от Финландия, иридиевия слой на границата Креда-Терциер от континентални отложения в САЩ, редки фосили от Германия, Русия (Крим, Урал, Якутия), Алпите, Франция, Естония, Полша, Чехия, Австрия, Швеция, Алжир, Близкия изток, Сахара, Корея, Хималаите, САЩ, Карибския басейн.
Колекцията „Геология на България” включва образци от богатата геоложка история на България. В нея са изложени характерни скали и фосили, демонстриращи изключителното георазнообразие на страната, както и редки феномени с глобално значение, като иридиевия слой на границата Креда-Терциер от Мездра и Кладоруб, образци от световноизвестния фациес ammonitico rosso, конкреции с амонити от „Черната Юра” (Етрополска свита), джеспилити от Докамбрия и др. Експозиционните витрини са илюстрирани с цветни табла, отразяващи геоложкия строеж с подходящи графики и фотографии на характерни разрези и разкрития на литостратиграфските и хроностратиграфските единици в различни райони на страната.
Колекцията „Обща геология” представя главните скалообразуващи минерали, основните генетични типове скали и техните структури и текстури.
Колекцията „Структурна геология” съдържа образци, представящи деформационните текстури и структури на магмените, седиментните и метаморфните скали. Критериите за тектонски движения са илюстрирани с фрактури на срязване и скъсване, харниши с бразди на триене, катаклазити, тектонски глини и брекчи, стилолити, милонити и кулисни пукнатини. Представени са различни типове кливаж, дисхармонични и кинк-гънки, линейности на пресичане между първична слоестост и кливаж, интерференция между гънкови генерации, линеен и плоскостен паралелизъм, структури на течение в магмени скали и др.
В колекцията „Кватернерна геология” са представени съвременни морски и континентални образувания, като евапорити от Мъртво море, бигор, сталактити, льос, сол от Поморийското езеро, морски и пустинен пясък, както и процеси на еолично изветряне и пустинен загар от Сахара.
Колекцията „Декоративни скали“ включва най-използваните в строителството материали – различни видове варовик и мрамор, натечен калцит, пъстри брекчи, калкошисти, гранит, габро.
В музея се съхраняват и уникални монографични колекции от карбонска мегафлора на проф. Янаки Тенчов, юрски и кредни белемнити на проф. Мария Вергилова, палеогенски молюски на проф. Борис Страшимиров, терциерна флора на доц. Милорад Вацев, палеогенски скални образци на доц. Сава Джуранов, триаски, юрски и кредни образци от Радомирско на доц. Михаил Моев, палеогенски образци от Източните Родопи на инж. Верка Михайлова.
Богатството на Музея погеология и палеонтология се допълва от колекция от съвременни образци от района на Карибския басейн, дарена от инж.-геол. Иван Вълчанов, колекции от мезозойски и неозойски безгръбначни, дарени от природолюбителите Иван Кадиев и Георги Христов от гр. Плевен, образци от българските експедиции в Антарктида, съвременна и фосилна фауна от Ангола на д-р Детелин Дачев, колекция от зъби и прешлени от кредни и палеогенски акули и влечуги от Мароко, дарена от министър Валентин Василев през 1999 г.
В музея е организиран кът „Побитите камъни” – един от най-известните геоложки феномени на територията на България и обект с глобално геоконсервационно и геотуристическо значение.
Обогатяването на музейните колекции се извършва непрекъснато от академичния състав на катедра „Геология и геоинформатика”, бивши и настоящи студенти от различни специалности. В хранилището на музея е предадена за съхранение и ползване уникална колекция от над 3000 образци от карбонска и пермска мегафлора.
През 2013 г. бе разработен динамичен сайт на Музея от дипломант на катедра „Геология и геоинформатика”, който се чете от хиляди посетители от цял свят.
През 2014 г. е оформена колекция от силурски и девонски граптолити от Западна Стара планина. През 2015 г. е допълнена сбирката по Регионална геология с колекция от метаморфни скали от Рупчоския метаморфен комплекс от района на Седемте Рилски езера а през 2017 г. е оформена нова колекция от докамбрийски метаморфити от Рила и Западните Родопи.
Благодарение на активния обмен на материали, който се осъществява в съответствие с международните принципи на музейното дело за споделяне и предаване на знания, колекция от отолити на проф. Б. Страшимиров бе предоставена на немския изследовател Dr. Werner Schwarzhans, който я реанимира за науката и я превърна в част от глобалното научно наследство чрез редица публикации в известни международни списания, където Музеят по Геология и палеонтология се цитира заедно с Лондонския природонаучен музей, Националния музей по естествена история в Париж, Зоологическия институт и музей в Университета в Хамбург, Зоологическия музей на Университета в Копенхаген, Зоологическия музей на Московския държавен университет „Ломоносов“, Националния научен музей в Токио, Националния музей по естествена история, Австралийския музей в Сидни, Западния австралийски музей в Пърт, Смитсоновия институт във Вашингтон, Калифорнийската академия на науките в Сан Франциско, Щатския музей по естествена история в Лос Анджелис.
През периода 2013-2018г. музейният фонд е обогатен с образци от Европа (Италия, Гърция, Македония, Албания, Сърбия, Румъния, Англия), предоставени от студенти и преподаватели, колекция от съвременни образци от района на Карибския басейн, дарена от доц. Д. Тронков и образец на съвременен опал от Австралия, дарен от Ивайло Сачански.
Музейните колекции, чийто облик е изграждан десетилетия наред от поколения преподаватели, студенти и дарители, е богатство за Минно-геоложкия университет, което не може да се измери с финансови параметри. Неговата стойност е в спомените на няколко поколения геолози, направили първите си крачки в света на геологията пред неговите витрини, където тепърва ще прохождат и бъдещите специалисти в областта на науките за Земята.
